Skype har två månader på sig att överklaga beslutet men redan nu står det klart att man kommer ta strid.
"Vi kommer inte att byta namn och vi kommer att överklaga", säger Joakim Nordblom, presstalesman för Microsoft till Dagens nyheter.
Namnfejden mellan de två parterna inleddes redan 2004.
Det ska noteras att utfallet inte innebär att Skype tvingas byta namn. I dagsläget innebär det däremot att Microsoft inte kan registrera Skype som varumärke, vilket kan innebära att ett annat företag kan använda namnet för en annan produkt.