Den nya uppdateringen ska göra att endast avsändaren och mottagaren har möjligheten att läsa informationen som skickas, rapporterar Wall Street Journal (betalvägg).
Redan 2014 började vanliga textmeddelanden krypteras på appen men gruppkonversationer och multimediameddelanden var okrypterade.
Nu blir alla meddelanden krypterade för alla Whatsapps en miljard användare.
“Vi erkänner att polismyndigheterna gör ett viktigt jobb för att hålla folk trygga men bristande kryptering ökar risken för att folk utsätts för attacker för kriminella hackare och fientliga stater”, säger Whatsapps vd, Jan Koum, enligt Wall Street Journal.
Den ökade säkerheten kommer alltså kort efter att FBI, efter en kortare men mycket uppmärksammad konflikt, lyckats bryta sig in i en av Apples telefoner, mot företagets vilja.
Whatsapp ägs som nämnt av Facebook. Sociala medier-jättens grundare, Mark Zuckerberg, har sedan tidigare stöttat Apple i kampen om informationen och krypteringen. Han har bland annat uttalat att han inte tror att “kryphål i krypteringen kommer öka säkerheten, eller ens vara rätt sak att göra”.