Betalningen sker i form av Microsoft-aktier.
Det framgår av ett pressmeddelande.
Github kommer att drivas som en oberoende enhet för att ge en öppen plattform för alla utvecklare inom alla industrier, skriver Microsoft.
Github kommer att redovisas som del av Microsofts segment Intelligent Cloud och förvärvet väntas bidra till Microsofts rörelseresultat under räkenskapsåret 2020.