Enligt Financial Times vill EU införa nya regler som innebär att Facebook och Microsoft, som äger Whatsapp respektive Skype, i framtiden kommer behöva finna sig i samma säkerhets – och sekretessbestämmelserna som branscherna man delvis ersatt , det vill säga vanlig telefoni och sms.
Utredningen ses som en större reform i EU:s telekom-policy, och kommer bland annat beröra hur Whatsapp hanterar säkerhetsbolagens begäran om information.
Whatsapp, som krypterar sina användares meddelanden, kan i dagsläget exempelvis inte lämna över information till myndigheter, även om de själva skulle vilja, på grund av sin kraftiga kryptering.
Reformen kan komma att sudda bort skillnaderna som finns mellan de gamla telekom-giganterna och deras amerikanska rivaler på internet.
Utredningen kan också vara ett tecken på att EU nu vill få ett visst inflytande över de amerikanska apparna.
I september kommer EU meddela om hur de nya reglerna kommer att se ut innan de förs in i EU:s "e-Privacy"-regler.