I ett uttalande säger Vita huset att Yates har förrått justitiedepartementet genom att vägra att genomföra en order som är avsedd att skydda amerikanska medborgare.
"Det är hög tid att på allvar skydda vårt land. Att efterlysa hårdare prövning för individer som reser från sju farliga platser är inte extremt. Det är rimligt och nödvändigt för att skydda vårt land", framgår det av Vita husets uttalande.
Yates kommer att ersättas av Jeff Sessions som blir ny tillförordnad justitieminister.
Donald Trumps kontroversiella inresestopp för medborgare i sju länder har de senaste dagarna skapat rubriker världen över. Den stenhårda linjen får i första hand stora humanitära konsekvenser för flyktingar, men slår även mot näringsliv och techindustri.
LÄS MER: Efter Trumps beslut: Videoplaza-grundaren vågar inte lämna USA
LÄS MER: Techjättarna rasar mot Trump: "Oamerikanskt så att det smärtar"