I artikeln, som två reportrar på tidningen har arbetat med i sex månader, berättar tidigare anställda bland annat om att företaget uppmanar medarbetarna att varje dag mejla kritik om sina närmaste kollegor till cheferna - en sorts angivarkultur.
Medarbetare vittnar också om att de ska ha blivit sämre behandlade på grund av medicinska problem.
En kvinna som haft bröstcancer sattes när hon kom tillbaka från behandlingen i ett "prestationsförbättrande program" vilket på Amazon allmänt anses vara ett förtäckt hot för "du riskerar att få sparken". Detta eftersom kollegorna i samma team hade fått mycket gjort medan kvinnan var sjuk.
En annan kvinna var gravid med tvillingar men fick missfall. Enligt henne sa hennes chef följande dagen efter:
"Jag är ledsen, men jobbet måste fortfarande bli gjort. Där du är i livet, när du försöker bilda familj, vet jag inte om det här är rätt arbetsplats för dig".
Amazon-grundaren Jeff Bezos har gett sin syn på saken i ett mejl till alla anställda på bolaget där han skriver att han "inte känner igen sig" i New York Times beskrivning av bolaget.